Fert s'est donnée pour mission de contribuer à l'amélioration des économies agricoles des pays en développement ou émergents. Trois considérations clefs fondent la démarche mise en œuvre pour réaliser cette mission :

Ainsi, depuis plus de 25 ans et dans plus de dix pays d'Europe centrale et orientale, d'Amérique latine, du Bassin méditerranéen, d'Afrique subsaharienne et de l'Océan indien, l'association Fert accompagne des systèmes d'organisations dans lesquelles les agriculteurs de base assument ensemble leurs pleines responsabilités et participent, de ce fait, de manière active à la conduite de leur propre développement.
Cette notion est capitale, car elle fonde la raison majeure de la mobilisation de la profession agricole française qui, se substituant aux seules interventions techniques, favorise le passage d'une notion d'assistance à une conception de partenariat.
Pour assurer la cohérence avec les principes ci-dessus, Fert a été amenée à s'imposer deux critères indispensables dans la conception des actions :
Fert, en tant qu'association de coopération internationale issue de la profession agricole, assure un rôle d'interface entre l'action de terrain et l'ensemble des compétences professionnelles à mobiliser en fonction des besoins exprimés.
Elle se propose de mettre au service des agriculteurs des pays en développement le savoir-faire acquis au cours de plus de cinquante années d'expérience de l'organisation des producteurs dans les domaines techniques, économiques, commerciaux et financiers. Elle s'appuie, pour ce faire, sur l'ensemble des organisations professionnelles agricoles françaises (Chambres d'agriculture, Coopératives agricoles, Instituts techniques spécialisés, Mutuelles de crédit).
Fert participe à de nombreux projets associant de multiples partenaires et concernant les cultures vivrières et fourragères, l'élevage, la recherche appliquée, la diffusion du progrès technique, les services d'approvisionnement, de collecte et de transformation primaires, de commercialisation et de crédit. Tous visent à promouvoir la formation des agriculteurs et leurs capacités d'organisation pour leur permettre de mieux maîtriser leur production et leur insertion dans l'économie agro-alimentaire.
Elle fonde sa démarche sur trois principes tirés de l'expérience paysanne : rigueur, pragmatisme et solidarité.